يعيش الأسد أليكس والحمار الوحشي مارتي والزرافة ميلمين وفرس النهر جلوريا حياة مترفة في حديقة الحيوان، وذات يوم خطر ببال مارتي في تجربة الحياة في البرية، حاول أصدقائه الهرب من تلك الفكرة، ولكنهم فوجئوا بشحنهم بالخطأ، وتحدث المغامرة حينما تفلت الصناديق التي تحملهم في البحر، فتضاربهم الأمواج ليستقروا على جزيرة مدغشقر، حيث توجد بها مملكة قرود الليمور، والتي تعيش في تهديد دائم وخطر مستمر من حيوانات الفوسا. ومن خلال إقامته في تلك الجزيرة المليئة بالمخاطر يصدم أليكس بإكتشافه بطبيعته المفترسة، الغير معهود عليها في حياته السابقة، إلا أنه يستطيع التغلب عليها وإنقاذ أصدقائه الثلاثة وبقية مملكة قرود الليمور من الحيوانات المفترسة التي تهددهم. في الوقت نفسه، من جهة أخرى، تقرر البطاريق الاستيلاء على الباخرة التي أقلت الأصداقاء سابقا، متجهين هم أيضا إلى جزيرة مدغشقر، بعد أن اكتشفوا صعوبة العيش في القطب الجنوبي.
